El río Amacuzac es afluente directo del río Balsas; se origina en las faldas del volcán Nevado de Toluca, a una altitud de 2,600 msnm, en las inmediaciones del poblado de Tequisquiapan, Estado de México, en donde la corriente se le conoce como río Texcaltitlán. A partir de las grutas de Cacahuamilpa, la corriente se conoce como río Amacuzac y corre en una parte del territorio del Estado de Morelos, pasando junto a las poblaciones de Amacuzac, Miahuatlán y Tehuixtla. El área de cuenca hasta la confluencia de los ríos Chontalcuatlán y San Jerónimo es de 2 mil 91 km2.
A partir de las grutas, el río Amacuzac corre en una dirección hacia el este-sureste, hasta la confluencia con el río Cuautla, a unos 62 kilómetros de las grutas; recibiendo en este tramo las aportaciones de los ríos Barranca Grande, Chalma y Yautepec. Después de la confluencia con el río Cuautla, el río cambia la dirección de su curso para dirigirse hacia el sur, recorriendo aún otros 104 kilómetros antes de confluir con el río Balsas.
El río Amacuzac es el límite entre los Estados de Morelos y Guerrero y aguas abajo es el límite entre los Estados de Puebla y Guerrero en un pequeño tramo de 6.5 kilómetros, internándose finalmente en el Estado de Guerrero.
Las principales poblaciones que cruza el río Amacuzac en Morelos son: Huajintlán, Amacuzac, Miahuatlán, El Estudiante, Tehuixtla, Vicente Aranda y Xicatlacotla.
El río Chalma conocido en su parte alta como río Ocuilán, tiene su origen en los escurrimientos que bajan desde la altitud de 2 mil 750 msnm a unos 8 kilómetros al noroeste de Ocuilán, Estado de México. A unos 10 kilómetros aguas abajo, al pasar junto al poblado de Chalma, el río toma este nombre con el que continúa 21 kilómetros hasta recibir por su margen derecha las aportaciones del río Xolatengo, ahí toma el nombre de río Coatlán, 24 kilómetros aguas abajo, recibe por su margen izquierda las aportaciones del río Tembembe. Después recorre 6 kilómetros hasta confluir con el río Amacuzac a unos 24 kilómetros aguas arriba.
El principal usuario de las aguas del río Chalma es el Distrito de Riego 016 "Morelos". Las principales poblaciones que cruza el río Chalma en el Estado de Morelos son: Cocoyotla, Coatlán del Río, Actopan, Tetecala, Cuautlita, Cuauchichinola y Puente de Ixtla, donde se ubica la confluencia del río Chalma con el río Tembembe y con el Arroyo Agua Salada.
El río Tembembe baja del Eje Neovolcánico desde una altitud de 3 mil 500 msnm, 25 kilómetros aguas abajo, recibe por su margen derecha las aportaciones del río Seco del Bonete y 2 kilómetros adelante las de la Barranca Tizate. El río Tembembe confluye con el río Chalma a la altura de la población de Puente de Ixtla. El principal usuario de las aguas del río Tembembe en el Estado de Morelos es el Distrito de Riego 016 "Morelos".
El río Yautepec se origina en los manantiales El Bosque y La Poza Azul en Oaxtepec, fluye con dirección suroeste; en la cuenca alta de este río, donde se le conoce como barranca del Volcán de Ozumba. Después de recibir las aportaciones del río Apatlaco, el río Yautepec recorre 8 kilómetros antes de confluir con el río Amacuzac. El principal usuario de las aguas del río Yautepec en el Estado de Morelos es el Distrito de Riego 016 "Morelos". Las principales poblaciones que cruza el río Yautepec son: Yautepec, Ticumán, Temilpa, Tlaltizapan, Tlaquiltenango y Tlatenchi.
El río Apatlaco nace en el manantial de la Olla del Tepeite, aguas abajo por su margen derecha se le unen los arroyos Chalchihuapan, Ahuatlán, Zompantle y Atzingo; aguas abajo de esta confluencia el río toma el nombre de Salto de San Antón, asimismo, recibe por su margen derecha las aportaciones de los arroyos El Tecolote y El Mango, a partir de esta última confluencia toma el nombre de El Pollo. Ya en el poblado de Temixco recibe las aportaciones del arroyo Chapultepec por la margen izquierda, a partir de esta confluencia toma el nombre de Apatlaco y además, recibe las aportaciones del arroyo Los Arquillos por la margen derecha. En el poblado de Acatlipa descarga el arroyo El Limón por su margen izquierda, en el poblado de Real del Puente le confluye por su margen izquierda el arroyo Las Panocheras; al noroeste de Xochitepec le confluye por su margen izquierda el arroyo Tlazala, a unos metros del cruce del río Apatlaco con la Autopista México - Acapulco le confluye el arroyo Agua Salada, el cual está formado en su parte alta por los arroyos Puente Blanco, El Rastro y Rivetex. En el poblado de Apotla le confluye el arroyo Cuentepec, también conocido como río Tetlama. A 200 m aguas arriba del cruce del río con la carretera Galeana - Zacatepec, le confluye por su margen izquierda el arroyo Poza Honda, también conocido como arroyo El Rastro; entre los poblados de Jojutla y Tlatenchi el río Apatlaco confluye con el río Yautepec.
Sobre el cauce principal se tienen dos estaciones hidrométricas: una ubicada a 500 m aguas abajo de la confluencia del río Apatlaco o El Pollo con el río Chapultepec, en el poblado de Temixco (estación hidrométrica Temixco), la cual tiene un área de cuenca hasta el sitio de la estación de 331 km2; la segunda, ubicada 200 m aguas abajo de la confluencia del río con el arroyo Poza Honda, en el cruce del río con la carretera Galeana - Zacatepec, a un costado del hospital del Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) de Zacatepec (estación hidrométrica Zacatepec); el río Apatlaco tiene un área de cuenca hasta el sitio de la estación de 697 km2. A 6 kilómetros aguas abajo de la estación hidrométrica Zacatepec, el río Apatlaco vierte sus agua al río Yautepec.
El principal usuario del agua superficial en la subcuenca del río Apatlaco es el Distrito de Riego 016 "Morelos".
El río Cuautla o Barranca del Volcán tiene sus orígenes en las faldas del volcán Popocatépetl, a una elevación de 3,600 msnm, a 14 kilómetros aguas abajo de sus orígenes a la altura de la población de Huecahuasco.
El principal usuario del río Cuautla es el Distrito de Riego 016 "Morelos". Dos de los afluentes del río Cuautla son la barranca "La Cuera" y el río Achichipico.
El río Achichipico se origina en las faldas del volcán Popocatépetl, a 19 kilómetros aguas abajo. La barranca "La Cuera" se origina de los escurrimientos que descienden del volcán Popocatépetl.
Nace en las inmediaciones del poblado de Zacualpan de Amilpas, a una altitud de 1 mil 625 msnm, cruza el poblado de Temoac de norte a sur. Antes de cruzar el poblado de Amayuca se le conoce como Barranca Paso Tepetlacalco. Pasa al oeste del poblado de Jonacatepec donde se le conoce como Barranca Honda, poblado en el cual recibe por su margen derecha a la Barranca Cuescomata, a 3.5 kilómetros aguas abajo recibe por su margen derecha a la Barranca Cuachi. Pasa al este de Tepalcingo y 2 kilómetros aguas abajo recibe por su margen derecha a la Barranca Chirimoyo. A 4 kilómetros aguas abajo al cruzar el poblado de Ixtlilco el Grande recibe por su margen derecha a la Barranca de Peñas, esta barranca y el río Tepalcingo sirven de límite estatal entre Morelos y Puebla hasta el poblado de Tzicatlán. Antes recibe por su margen derecha las aportaciones de la Barranca Texcaltepec y por su margen izquierda al arroyo Pajarito. A 5 kilómetros de Tzicatlán confluye con el río Nexapa a una elevación de 890 msnm.
Nace en las faldas del Popocatépetl a una elevación aproximada de 3 mil 300 msnm, 19 kilómetros aguas abajo recibe el nombre de Río Muerto y 13 kilómetros aguas arriba de la confluencia con el Río Nexapa, recibe por la margen derecha las aportaciones del Río Tepalcingo.
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